注册个体工商户和公司存在以下主要区别：

1. 优惠政策与风险：个体工商户不享受税收优惠政策，没有投资风险，也不需要会计做账。而公司，特别是有限责任公司，可以享受税收优惠政策，但需要每月进行做账和报税。
2. 发票申请：个体工商户只能申请小规模纳税人，不能申请增值税发票。而公司，尤其是有限责任公司，可以申请一般纳税人增值税发票。
3. 法律责任：个体工商户和公司承担的法律责任有所不同。公司，特别是有限责任公司，以公司的注册资本为限承担有限责任，而个体工商户则承担无限责任。
4. 纳税方式：个体工商户的纳税一般采取定额定率征收，税务机关会根据其位置、规模、员工人数等因素来估算销售额，然后给定税额。而公司的纳税则要求企业必须核算健全，根据企业自己申报的收入来交税。
5. 注册流程与材料：个体工商户注册时无需提交公司章程，而公司注册时则需要。此外，两者的注册流程和所需提交的材料也有所不同。