个体工商户和公司注册在多个方面存在不同，主要包括：

1. 法人资格：个体工商户不具有法人资格，其债务由个人或家庭承担无限责任。而公司则是法定的民事主体，具有法人资格，股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任，享受有限责任的保护。
2. 税收优惠和发票申请：个体工商户不享受特定的税收优惠，也无需承担投资风险，无会计账务处理要求，且无法申请开具增值税发票，仅能申请小规模纳税人所提供的发票类型。而公司需要按时记账、申报纳税，有机会获取相关的税收优惠政策，并具备申请开具一般纳税人增值税发票的资质。
3. 注册流程和材料：个体工商户的注册流程相对简单，一般只需提交个体工商户设立申请书、经营者身份证明和经营场所证明等材料。而公司注册则需要经过企业核名、提交材料、领取执照、刻章等多个步骤，并需要准备公司章程、股东资格证明、董事、监事和经理的任职文件等材料。
4. 投资人和数量：个体工商户通常由个人或家庭经营，没有股东的概念。而公司则需要至少一个自然人股东或法人股东，并且股东数量可以在一定范围内变动。
5. 管理和运营：个体工商户在管理和运营上通常较为简单，决策灵活，但可能缺乏规范化和专业化的管理。而公司则需要按照公司法等法律法规的规定，建立完善的组织结构和治理机制，确保公司运营的规范性和专业性。